Überreste einer Kogge im Kolding-Fjord an der Ostküste Jütlands (DK) wurden erstmals 1943 entdeckt. Einzelne Teile wurden im selben Jahr geborgen, vermessen und wieder an Ort und Stelle deponiert. Das Wissen um die Position der Wrackstelle und der Teile ging verloren. 1999–2000 konnte die Stelle wiederentdeckt werden. 2001 erfolgte eine Bergung des Schiffes. Die Planken wurden dendrodatiert auf den Winter 1188–1189. Das Schiff dürfte ca. 16 m lang gewesen sein. Zurzeit findet eine Konservierung im Koldinghus Museum statt.
1978 entdeckte man in den Dünen beim dänischen Kollerup an der nordwestjütischen Jammerbucht die gut erhaltenen Überreste einer frühen Kogge. Das verwendete Eichenholz wurde nach dendrochronologischen Untersuchungen um 1150 in Südjütland, etwa im Raum zwischen Schleswig und Hadersleben geschlagen. Dieser Schiffsfund ist der bisher älteste vom Typ einer Kogge. Offensichtlich hatte man eine der frühen Umlandsfahrten um Kap Skagen gewagt und ist hierbei gescheitert. Länge: ca. 20,9 m. Breite: ca. 4,92 m. Tiefgang: ca. 1,35 m.
1983 konnten im Polder beim Niederländischen Ort Nijkerk die Überreste einer Kogge aus dem Jahre 1336 freigelegt werden. Der Boden, in dem sich das Holz erhalten hatte, war der vormalige Grund der an dieser Stelle trockengelegten Zuiderzee. Der Fund diente als Vorlage für den 1997 angefertigten, heute im Niederländischen Kampen liegenden Koggennachbau Kamper Kogge. 2004 hat das Schiff seine Seetauglichkeit bei einer Fahrt bis in die Ostsee unter Beweis gestellt.
1990 wurden am Pärnu in Estland Überreste einer kleinen Kogge von etwa 8,5 m Länge und 3,5 m Breite geborgen. Mit Hilfe der C14-Methode wurde das Wrack in den Zeitraum zwischen 1250 und 1330 n. Chr. datiert. Scherben von importierter Keramik aus dem Rheinland als Teil der Ladung stammen aus dem 14. Jahrhundert.
1991/92 wurde in einer Tiefe von 14 Metern unter der Schlachte, dem alten Hafengelände Bremens, ein koggeähnliches Schiff gefunden und teilweise geborgen, das auf Basis eines flach ausgehöhlten Eichenstamms mit vielen Halbspanten errichtet war und ein Heckruder trug. Diese „Proto-Kogge“ ist das weltweit erste Schiff dieses Typs. Die dendrochronologische Untersuchung ergab das Jahr 1100 als Bauzeit, was die Ergebnisse der C14-Datierung bestätigte.
Im Jahr 1997 wurde vor der Insel Poel in Mecklenburg das Wrack eines Schiffs entdeckt, das zunächst auf das Jahr 1354 datiert wurde (Poeler Kogge). Nach einer neueren Untersuchung soll dieses wohl in Finnland gebaute Schiff aber wesentlich jünger sein und aus dem Jahr 1773 stammen, somit handelt es sich sehr wahrscheinlich nicht um eine Kogge. Ein Rekonstruktionsversuch auf Grundlage der Koggendeutung ist inzwischen in Wismar fertiggestellt worden und wurde auf den Namen Wissemara getauft.
Eine große und gut erhaltene Kogge wurde 2000 in Doel, einem Ortsteil der belgischen Gemeinde Beveren, gefunden: ca. 20 Meter lang und 7 Meter breit. Das für den Bau des Schiffs verwendete Eichenholz wurde nach dendrochronologischen Untersuchungen im Winter 1325–1326 in Westfalen geschlagen. Der Rumpf dieser frühen Kogge ist in Klinkerbauweise ausgeführt. Die Doeler Kogge versank aus unbekannten Gründen um 1404 in einem Scheldearm. Das Wrack kam während der Bauarbeiten am Deurganck-Containerterminal des Antwerpener Hafens ans Tageslicht. Nach Abschluss von Konservierungsarbeiten wird es im Schifffahrtsmuseum in Baasrode, einem Ortsteil der belgischen Stadt Dendermonde, ausgestellt werden.
Im Jahr 2015 wurde vor Kampen vom Grund der IJssel das Wrack einer ca. 20 Meter langen Kogge geborgen.
